1. 样品的问题：

- 样品不稳定：样品可能在存储或处理过程中发生降解，造成分析困难。

- 样品基质干扰：复杂样品基质(如血液、尿液、组织等)可能引起质谱背景噪声增加，影响分析。

2. 色谱柱问题：

- 色谱柱污染：色谱柱可能被样品中的杂质污染，导致分离效果降低。

- 色谱柱损坏或老化：长期运行可能导致柱性能下降，影响分离效果。

3. 流动相问题：

- 流动相不合适：溶剂强度、添加剂等流动相选择不当可能影响分离效果。

- 溶剂残留问题：溶剂残留可能影响电离效率，影响质谱信号。

4. 质谱离子源问题：

- 离子源清洁问题：离子源污染物会影响离子的形成和检测。

- 电离方式选择不合适：例如ESI模式不适合非极性分析物，API模式可能更为适合。

5. 质谱仪真空问题：

- 真空不良：由于设备老化或损坏，真空度下降可能导致质谱检测性能下降。

6. 质谱检测器问题：

- 检测器响应下降：长时间使用后，质谱检测器响应可能降低。

7. 接口问题：

- 接口漏液：液相色谱与质谱连接接口(例如ESI接口)可能发生漏液问题。

- 溶剂不兼容：某些溶剂可能对接口材料有腐蚀作用。

8. 质谱参数设置不当：

- 扫描范围错误：扫描范围设置不合适可能导致分析物未被检测。

- 碰撞能量不合适：碰撞能量设置不当会影响碎片离子的产生。

9. 数据处理问题：

- 基线噪音高：数据采集和处理过程中，基线噪音高影响准确定量。

- 信号重叠：多个化合物的色谱峰重叠，导致准确定量困难。

10. 仪器校准问题：

- 质谱校准不当：质谱仪不准确校准可能导致质荷比(m/z)偏差。

11. 样品上样问题：

- 样品注射体积不准确：可能导致分析结果重复性差。

12. 泵和阀门问题：

- 压力波动：泵和阀门的故障可能导致压力波动，进而影响分离效果。

13. 仪器连接管路问题：

- 管路堵塞：长时间使用后管路可能堵塞，影响流动相传输。

14. 操作人员技能和经验问题：

- 操作人员的技术水平和经验也会影响LC-MS的操作和结果解释。