1. 低亲和力问题:目标分子之间的亲和力如果过低,可能导致难以检测其相互作用。
2. 非特异性结合:实验中可能会观察到与目标分子无关的非特异性蛋白质或分子的结合,这需要通过适当的实验设计来避免或减少。
3. 高背景信号:尤其是在使用荧光标记等技术时,可能会有较高的背景信号,影响结果的准确性。
4. 实验系统的稳定性:一些实验系统可能不稳定,导致实验结果的重复性差。
5. 样品的纯度:样品中的杂质会干扰实验结果,影响分子间相互作用的分析。
6. 蛋白质折叠和构象变化:特别是在研究蛋白质-蛋白质相互作用时,蛋白质的折叠状态和构象变化会影响它们之间的相互作用。
7. 动态变化:相互作用的动态性质(如结合-解离过程)可能难以捕捉,导致对相互作用的理解不全面。
8. 检测限高:一些检测技术的检测限较高,难以研究低丰度或低亲和力的相互作用。
9. 样品浓度和实验条件的选择:合适的浓度和条件对于实验的成功至关重要,需要仔细确定。
10. 数据解释和分析的复杂性:分子间相互作用的数据需要专业分析,可能需要复杂的计算和统计处理。
11. 分子间相互作用的复杂性:一些分子可以与多个不同的分子相互作用,这可能使得分析变得复杂。
12. 实验条件的控制:实验中温度、pH、离子强度等因素都会影响分子间相互作用,需要严格控制这些条件。
13. 蛋白表达和纯化困难:对于一些难以表达或纯化的蛋白质,可能无法研究其相互作用。
14. 实验操作中的非标准化:实验操作的差异会导致实验结果的可重复性和可靠性降低。
15. 分子间相互作用的异质性:有的相互作用可能不是单一的,而是包含多种模式,这增加了分析的难度。
16. 样本的降解和活性损失:样本在储存和处理过程中可能会降解,导致活性损失。
17. 分子间相互作用的调控机制复杂:分子间相互作用可能受到多种细胞信号通路和转录后修饰等因素的影响。